Language switching

Showing posts with label snp. Show all posts
Showing posts with label snp. Show all posts

Monday, November 6, 2017

Vít, nový Krchák na světě!

Srdečné pozdravy všem čtenářům. Přijměte prosím mou omluvu za dlouho odmlku. Zmiňoval jsem se už, že vést dvojjazyčný blog je dvakrát víc práce než jednojazyčný blog?
A propos, už jsem zmiňoval, že tři děcka jsou vlastně jako dvě děcka, až na to, že na koníčky máte teda rozhodně míň času než dřív?

Nu což, vzhůru do práce. Nejste tady, aby jste poslouchali, jak si stěžuju.

Takže Vít. Vítek Krchák. Třetí v této (~2010) generaci Českých Krcháků. Po pravdě nic moc. Zdá se, že Krcháci v Čechách do pár generací vymřou.

A kdo tedy jsme? My chlapi, Krcháci? Z Horňácka, jihovýchodní Moravy, kraje chudého, ale na tradice bohatého? Mé první nakouknutí na naši otcovskou linii se odehrálo pomocí autozomálního testu u 23andMe, verze 4. Ten obsahoval několik tisíc SNiPů na Y chromozomu.


Podle jejich starého způsobu značení jsem byl I2b*. Nicméně trošká výzkumu proti Y stromu na ISOGG ukázala, že jsem ve skutečnosti větev I-M423, tedy I2a1b starou notací. Větev původních Evropských lovců a sběračů - Evropan jak poleno :D
23andMe nabízí o Y haplogrupách vlastní povídání, ale zdaleka nejlepší info jsem se dočetl na eupedii. Hlavně tam jsem se dověděl o základní historii I-M423.

Po trošce průzkumu jsem jasně viděl, že SNiPy jsou na výzkum chromozomu Y mnohem mocnější zbraň, než STRka. Díky jednoznačnosti a bohatější struktuře. Jako další krok jsem si tedy vybral I-M423 panel na yseq.net. To je Y test s daleka nejlepším poměrem cena výkon na trhu (pokud znáte svoji haplogrupu), a tým z yseq.net dělá vše proto, abych jejich panely zahrnovi vždy ty nejnovější známé mutace. Velká chvála Thomasovi Krahnovi.
Výsledky panelu mi poskytly mou "konečnou" (z hlediska dosud dosažených znalostí o Y stromě) SNP mutaci I-Y16473 and 4 nejbližší shody - Narog, Telencio, Rohaly and Girya. Polsko, Polsko, Maďarsko a Ukrajina. Nejbližsí společný předek 200 n.l. Expanze Slovanů na západ!
Úžasné.
Být schopen si spojit mutaci I-S17250 a její nejbližší podtřídy tak zřejmě se Slovanským stěhováním národů v první polovině prvního tisíciletí našeho letopočtu byl jeden z nejlepších výsledků, co jsem zatím z genetického testování dokázal vymáčknout.



Dalším krůčkem ve výzkumu mé Krchákovské linie bylo dohánět co jsem zanedbal - malý STR test. Ten jsem uskutečnil pomocí unikátního českého projektu "Genetika a příjmení", které se snaží mapovat česká příjmení na haplogrupy - genebaze.cz/gap.html. Pokud jste to ještě nezkusili, rozhodně se ozvěte! Je to úžasný způsob jak zadarmo s genetickým testováním začít.
Tak co jsem se dověděl? Jak by mohl malinký STR panel dodat nějakou informaci k SNP testu, obsahujícím všechny nejnovější větve? Jednoduše. Všude je TOLIK genealogů, kteří si nechali udělat jen STR test. Takže ač je SNP testování rozhodně mocnější co se týče časové umístění vašich shod a vytvoření stromu otcovských linií, neměli by jste STRka rozhodně zcela vynechat - umožní vám získat další (trochu neurčité) shody.
V mém případě to znamenalo nějaké blízké Slovenské shody, které žadné SNP testování nepodnikly. To krásně podpořilo rodinou legendu, že Krcháci přišli na Horňácko ze Slovenska.
(To je navíc dále podpořeno Slovenskými autozomálními shodami na čtvrtine DNA od mého dědečka Krcháka.)
Macák. Orava. Doufám, že jednou je na SNP test nalákam.
Moje IDčko na ysearch.org je AH7EK. Rovněž rovázané s mým WikiTree účtem.

Jak vždy říkám, jsou dvě cesty kterýma se může člověk ve světě Y-DNA vydat. Aktivní nebo pasivní.
Pasivní znamená čekat, až vaše shody absolvují všemožné testy, až vám vydláždí cestu. Je to ta levnější cesta. Ale možná vás nikam nedostane.
Aktivní znamená konat! Udělat si sekvenování chromozomu Y. Najít vaše nové mutace. Spolupracovat s testovacíma společnostma, aby jste vaše soukromé SNiPy dostale jak do panelů, tak do dlouhých seznamů testů na samostatné SNiPy. Pracovat s vašimi shodami, zda nemají některé vaše mutace společné. Snažit se navnadit vzdálené bratrance, aby se do toho sekvenování taky pustili. Tohle je mnohem dražší varianta, ale povede k výsledkům mnohem pravděpodobněji, v mnohem kratším čase.

Ja si samozřejmě vybral tu aktivní cestu. Takže můj další krok byl logicky BigY test of FTDNA. Nebo ne?

Aby jste si od FTDNA mohli koupit BigY test, musíte u nich první otestovat nějaké STRka. Ono je to nakonec asi v pořádku, protože nikdo nechce utratit 400 dolarů, aby zjistil, že jeho bratranec měl ve skutečnosti adoptovaného pradědečka.
Pomocí projektu je možné si objednat 12STR, aby člověk minimalizoval náklady. Ale když už se má člověk do té FTDNA STR databáze dostat, tak ať ty shody stojí zato. Začal jsem raději rovnou s 37STR indikátory. Tedy asi 15 navíc proti těm co už jsem měl z GaP.

Stálo to za to? Ani ne. Šel bych do těch 37mi radši než do 12ti znova? To zas jo.
Problém je, jak přísný limit na shody FTDNA na úrovni 37STR indikátorů má. Snaží se motivovat lidi ke koupi 67mičkových a 111kových panelů. Je to hnusná vydírací taktika, ale holt to tak je. FTDNA si na živobytí vydělává hlavně pomocí STR testů, a vždycky se snažila tu být předně pro genetické genealogy (ne jako některé jiné společnosti, kterým jde opravdu jen o zisk).
Takže 37STR test žádné nové poznatky nepřinesl, ale vždycky může zkoušet všechny své blízké STr shody přesvědčovat na BigY test.

Se splněnou podmínkou v podobě STR testu byl BigY konečně na dohled. Akorát byl dál, než to vypadalo. Několik odložených slíbených časů dodávky, a déle než 3 měsíce čekání... Ale když jsem se konečně dočkal tak to rozhodně stálo za to.

Nová finální větev s mou shodou - Larrym Telenciem. I-FGC40352. Paráda. Skvělé. Úžasné. Takhle se tvoří Y strom.
Navíc jsem dostal 8 soukromých mutací, které teď čekají na další shody.
Potenciál pro další výzkum, blíže současnosti. Sem s ním!

A tím se jako s testováním skončil? Ne tak úplně. Sekvenování je známé nelehkostí interpretace. A FTDNA to dělá obzvlášť blbě. Proto taky většina lidí, která Yové sekvenování podstoupí, jde o krok dál. Objedná si detailní analýzu souboru BAM za 49$ na https://www.yfull.com.
Tam se výsledky dostávají postupně:

  1. SNP výsledky - tohle je podstata analýzy, najív nové finální listy v Y stromě a identifikovat vaše soukromé mutace (a míru jejich spolehlivosti).
  2. STR výsledky - několik stovek STRek, které se dají pomocí NGS přečíst. A taky STR shody.
  3. nový Y strom - vám konečně ukáže vaši novou, vysněnou větev Yového stromu s vaší soukromou mutací - a odhadem jejího stáří.
Tak jsem s tím výzkumém Y chromozomu, co můj syn ponese dál do budoucnosti, docela pokročil, ale stále je kam jít.

Přesvědčit blízké shody, aby rovněž absolvovali sekvenování chromozomu Y, a nebo alespoň otestovali přítomnost mých soukromých mutací v jejich DNA. Snad se mi to u některých (z Vás) podaří.
Koupit BigY pro známé vzdálené bratrance po otcovské linii, abychom lépe definovali, které z mých soukromých SNiPů jsou ty starší. A rovněž za účelem umístění Krchákovské větve na rozličné Y stromy (YFull, ISOGG, FTDNA).

Další rok, další krok kupředu. Už se těším co se na poli Y výzkumu dovím v roce 2018.

Jo a taky si můžu odškrtnout můj první cíl ze seznamu na rok 2017. Uff.

Saturday, December 10, 2016

Nedávný výzkum otcovské linie

Můžete si o mě třeba myslet, že jsem držgrešle, ale rád neutrácím bezhlavě a za svoje peníze chci, co si zasloužím. Když jsem v říjnu uviděl slevu na yseq.net, konečně jsem se rozhoupal lépe prozkoumat svou otcovskou linii - Krcháky. Data z 23andMe (haploskupina I-M423) mě dovedly jen do doby před asi 14000 lety, kdy v Evropě ustupovali ledovce a náš předek tu byl lovcem a sběračem (zemědělství se začalo objevovat snad o 4 tisíce let později, v JV Evropě o šest, a u nás v té střední asi o 8 či víc).
Není pravda, že bych vůbec netušil co se mezi těmí 14000 a současností dělo. Docela silně jsem byl přesvědčen, že patříme do haploskupiny I-S17250 (https://www.yfull.com/tree/I-S17250/), která souvisí s expanzí (proto-)Slovanů z Černomořské a Kaspické stepi na západ.

Pro ostřílené borce DNA testování to může vypadat jako rouhání, ale stále ještě nemám žádné STR markery. Mělo by se to změnit příští rok, kde získám alespoň prvních 27 markerů, v rámci českého projektu Genetika a příjmení. Zatím tedy mohu pro patrání po otcovské linii a shodách používat jen snipy.

Co jsem se tedy dověděl na YSeq?
Je to pravda, Krcháci jsou I-S17250! Slované jak poleno. Teoretický výzkum na jedničku.
Ale pod tímhle snipem už byly mé dohady liché. Na základě výsledků jiných Čechů jsem předpokládal I-Z16971 nebo I-Z16983.

Jaké bylo mé překvapení, když jsem zjistil, že jsem I-Y4882! (https://www.yfull.com/tree/I-Y4882/)
A tedy, že Krcháci byli Východní, nikoliv Západní Slovani! Čas přepsat rodinou historii :D

Zatím jsem A1328- a A811-. Příští týden bych měl dostat výsledky pro A7358 a Y16473. Pokud bude vše negativní, ještě existuje nová větev A12505 k ověření. A jinak jsem úplně sám.

Nicméně v podstatě nezávisle na výsledku musím začít šetřit na Next Generation Sequencing test. Žádná z podvětví Y-4882 totiž není moc prozkoumaná, takže ať už do nějaké známe větve patřit budu, nebo ne, posunout dopředu se půjde jen co nejkompletnějším sekvenováním chromosomu Y.

Narrowing down my Y heritage

You can call me a cheapskate, but I just like to get my money's worth ;) Seeing a sale on yseq.net in October, I jumped on it, to finally get closer to present than I-M423's ~14000 years (I had from 23andMe).
Well what I say is not completely true, by looking around, I strongly suspected, I will belong to I-S17250 when tested (https://www.yfull.com/tree/I-S17250/).

This may seem like a heresy to the old-timers, but I still have no STR markers tested on my paternal line. Should change next year, with my first 27. So I only have SNPs to utilise in my Y-research so far.

So what have I learned at YSeq?
I was true, I am actually I-S17250! Good job figuring that one out.
But downstream, it was all miss, no hit. Based on other Czechs, I suspected I-Z16971 or I-Z16983.

What was my surprise to learn, I am actually I-Y4882! (https://www.yfull.com/tree/I-Y4882/)
This seems to be an East Slavic SNP, where I always saw my Krchaks as West Slavs till the last week. Time to change the family history :D

So far, I am A1328- and A811-. Next week should bring us results for A7358 and Y16473.
Based on that, if I am all negative, I still have a new A12505 to check.

Almost regardless of the result, I need to start saving for that NGS Y test though. None of the Y-4882 sub-branches is much explored, so either being placed in one of them or being an original one still leads to the same solution - NGS.