Language switching

Showing posts with label bratranci. Show all posts
Showing posts with label bratranci. Show all posts

Monday, November 6, 2017

Vít, nový Krchák na světě!

Srdečné pozdravy všem čtenářům. Přijměte prosím mou omluvu za dlouho odmlku. Zmiňoval jsem se už, že vést dvojjazyčný blog je dvakrát víc práce než jednojazyčný blog?
A propos, už jsem zmiňoval, že tři děcka jsou vlastně jako dvě děcka, až na to, že na koníčky máte teda rozhodně míň času než dřív?

Nu což, vzhůru do práce. Nejste tady, aby jste poslouchali, jak si stěžuju.

Takže Vít. Vítek Krchák. Třetí v této (~2010) generaci Českých Krcháků. Po pravdě nic moc. Zdá se, že Krcháci v Čechách do pár generací vymřou.

A kdo tedy jsme? My chlapi, Krcháci? Z Horňácka, jihovýchodní Moravy, kraje chudého, ale na tradice bohatého? Mé první nakouknutí na naši otcovskou linii se odehrálo pomocí autozomálního testu u 23andMe, verze 4. Ten obsahoval několik tisíc SNiPů na Y chromozomu.


Podle jejich starého způsobu značení jsem byl I2b*. Nicméně trošká výzkumu proti Y stromu na ISOGG ukázala, že jsem ve skutečnosti větev I-M423, tedy I2a1b starou notací. Větev původních Evropských lovců a sběračů - Evropan jak poleno :D
23andMe nabízí o Y haplogrupách vlastní povídání, ale zdaleka nejlepší info jsem se dočetl na eupedii. Hlavně tam jsem se dověděl o základní historii I-M423.

Po trošce průzkumu jsem jasně viděl, že SNiPy jsou na výzkum chromozomu Y mnohem mocnější zbraň, než STRka. Díky jednoznačnosti a bohatější struktuře. Jako další krok jsem si tedy vybral I-M423 panel na yseq.net. To je Y test s daleka nejlepším poměrem cena výkon na trhu (pokud znáte svoji haplogrupu), a tým z yseq.net dělá vše proto, abych jejich panely zahrnovi vždy ty nejnovější známé mutace. Velká chvála Thomasovi Krahnovi.
Výsledky panelu mi poskytly mou "konečnou" (z hlediska dosud dosažených znalostí o Y stromě) SNP mutaci I-Y16473 and 4 nejbližší shody - Narog, Telencio, Rohaly and Girya. Polsko, Polsko, Maďarsko a Ukrajina. Nejbližsí společný předek 200 n.l. Expanze Slovanů na západ!
Úžasné.
Být schopen si spojit mutaci I-S17250 a její nejbližší podtřídy tak zřejmě se Slovanským stěhováním národů v první polovině prvního tisíciletí našeho letopočtu byl jeden z nejlepších výsledků, co jsem zatím z genetického testování dokázal vymáčknout.



Dalším krůčkem ve výzkumu mé Krchákovské linie bylo dohánět co jsem zanedbal - malý STR test. Ten jsem uskutečnil pomocí unikátního českého projektu "Genetika a příjmení", které se snaží mapovat česká příjmení na haplogrupy - genebaze.cz/gap.html. Pokud jste to ještě nezkusili, rozhodně se ozvěte! Je to úžasný způsob jak zadarmo s genetickým testováním začít.
Tak co jsem se dověděl? Jak by mohl malinký STR panel dodat nějakou informaci k SNP testu, obsahujícím všechny nejnovější větve? Jednoduše. Všude je TOLIK genealogů, kteří si nechali udělat jen STR test. Takže ač je SNP testování rozhodně mocnější co se týče časové umístění vašich shod a vytvoření stromu otcovských linií, neměli by jste STRka rozhodně zcela vynechat - umožní vám získat další (trochu neurčité) shody.
V mém případě to znamenalo nějaké blízké Slovenské shody, které žadné SNP testování nepodnikly. To krásně podpořilo rodinou legendu, že Krcháci přišli na Horňácko ze Slovenska.
(To je navíc dále podpořeno Slovenskými autozomálními shodami na čtvrtine DNA od mého dědečka Krcháka.)
Macák. Orava. Doufám, že jednou je na SNP test nalákam.
Moje IDčko na ysearch.org je AH7EK. Rovněž rovázané s mým WikiTree účtem.

Jak vždy říkám, jsou dvě cesty kterýma se může člověk ve světě Y-DNA vydat. Aktivní nebo pasivní.
Pasivní znamená čekat, až vaše shody absolvují všemožné testy, až vám vydláždí cestu. Je to ta levnější cesta. Ale možná vás nikam nedostane.
Aktivní znamená konat! Udělat si sekvenování chromozomu Y. Najít vaše nové mutace. Spolupracovat s testovacíma společnostma, aby jste vaše soukromé SNiPy dostale jak do panelů, tak do dlouhých seznamů testů na samostatné SNiPy. Pracovat s vašimi shodami, zda nemají některé vaše mutace společné. Snažit se navnadit vzdálené bratrance, aby se do toho sekvenování taky pustili. Tohle je mnohem dražší varianta, ale povede k výsledkům mnohem pravděpodobněji, v mnohem kratším čase.

Ja si samozřejmě vybral tu aktivní cestu. Takže můj další krok byl logicky BigY test of FTDNA. Nebo ne?

Aby jste si od FTDNA mohli koupit BigY test, musíte u nich první otestovat nějaké STRka. Ono je to nakonec asi v pořádku, protože nikdo nechce utratit 400 dolarů, aby zjistil, že jeho bratranec měl ve skutečnosti adoptovaného pradědečka.
Pomocí projektu je možné si objednat 12STR, aby člověk minimalizoval náklady. Ale když už se má člověk do té FTDNA STR databáze dostat, tak ať ty shody stojí zato. Začal jsem raději rovnou s 37STR indikátory. Tedy asi 15 navíc proti těm co už jsem měl z GaP.

Stálo to za to? Ani ne. Šel bych do těch 37mi radši než do 12ti znova? To zas jo.
Problém je, jak přísný limit na shody FTDNA na úrovni 37STR indikátorů má. Snaží se motivovat lidi ke koupi 67mičkových a 111kových panelů. Je to hnusná vydírací taktika, ale holt to tak je. FTDNA si na živobytí vydělává hlavně pomocí STR testů, a vždycky se snažila tu být předně pro genetické genealogy (ne jako některé jiné společnosti, kterým jde opravdu jen o zisk).
Takže 37STR test žádné nové poznatky nepřinesl, ale vždycky může zkoušet všechny své blízké STr shody přesvědčovat na BigY test.

Se splněnou podmínkou v podobě STR testu byl BigY konečně na dohled. Akorát byl dál, než to vypadalo. Několik odložených slíbených časů dodávky, a déle než 3 měsíce čekání... Ale když jsem se konečně dočkal tak to rozhodně stálo za to.

Nová finální větev s mou shodou - Larrym Telenciem. I-FGC40352. Paráda. Skvělé. Úžasné. Takhle se tvoří Y strom.
Navíc jsem dostal 8 soukromých mutací, které teď čekají na další shody.
Potenciál pro další výzkum, blíže současnosti. Sem s ním!

A tím se jako s testováním skončil? Ne tak úplně. Sekvenování je známé nelehkostí interpretace. A FTDNA to dělá obzvlášť blbě. Proto taky většina lidí, která Yové sekvenování podstoupí, jde o krok dál. Objedná si detailní analýzu souboru BAM za 49$ na https://www.yfull.com.
Tam se výsledky dostávají postupně:

  1. SNP výsledky - tohle je podstata analýzy, najív nové finální listy v Y stromě a identifikovat vaše soukromé mutace (a míru jejich spolehlivosti).
  2. STR výsledky - několik stovek STRek, které se dají pomocí NGS přečíst. A taky STR shody.
  3. nový Y strom - vám konečně ukáže vaši novou, vysněnou větev Yového stromu s vaší soukromou mutací - a odhadem jejího stáří.
Tak jsem s tím výzkumém Y chromozomu, co můj syn ponese dál do budoucnosti, docela pokročil, ale stále je kam jít.

Přesvědčit blízké shody, aby rovněž absolvovali sekvenování chromozomu Y, a nebo alespoň otestovali přítomnost mých soukromých mutací v jejich DNA. Snad se mi to u některých (z Vás) podaří.
Koupit BigY pro známé vzdálené bratrance po otcovské linii, abychom lépe definovali, které z mých soukromých SNiPů jsou ty starší. A rovněž za účelem umístění Krchákovské větve na rozličné Y stromy (YFull, ISOGG, FTDNA).

Další rok, další krok kupředu. Už se těším co se na poli Y výzkumu dovím v roce 2018.

Jo a taky si můžu odškrtnout můj první cíl ze seznamu na rok 2017. Uff.

Tuesday, October 31, 2017

Nová verze 23andMe i pro Čechy!


Rád bych se vrátil ke svému blogu, a k tomu citím, že je zapotřebí přeložit posledni článek z února, abych dostál česko-anglické paritě a mohl jít dál.

Co tedy budeme dohánět?

23andMe konečně ohlásila, že bude převádět zahraniční účty bez zdravotních výsledků - takže Británie, Kanada a Dánsko maji zatím smůlu. (dnes, v říjnu, už je tedy převedeno vše).

Co nám tahle změna přinese? Trochu horší práci s našimi shodami :( To je na té přicházející změně asi nejhorší - nový vzhled a ovládání je směřováno na začátečníky a nenabízí takovou rychlost a důraz na výsledky, jako staré stranky. Navíc veledůležitý chrome plugin 529andYou nepracuje zcela automaticky, což bude při práci s velkým množstvím dat rozhodně chybět. 23andMe mám ze všech stránek nejradši právě kvůli výborným schopnostem pluginu 529andYou, který umožňuje ověřovat triangulační skupiny téměř bez námahy.

Na druhou stranu, máme na co se těšit:

  1. Souhlas s pozvánkama, hurá! Mám už asi 4 měsíce zabugovaný účet, neschopný odsouhlasit pozvánku od někoho jiného.
  2. Čtení a psaní zpráv! Dvakrát hurá!! Můj účet, asi kvůli velkému množství shod, už neumožňoval čtení nových zpráv. Má omluva všem co mi psaly a nikdy se nedočkali odpovědi. 
  3. Schopnost ozvat se anonymním shodám! Konečně se budeme zase schopní ozvat anonymním shodám. Často ani neví, že jsou "anonymní" a nemají žádný problém sdílet.
  4. Nová funkcionality In-Common-With - "společné shody". Tohle bude strašně důležitá nová vlastnost, která nám umožní rychle nahlédnout, kdo je s kým příbuzný.
  5. A spousta dalších drobnosti, jako například novější informace o můžských haplogrupách.

Rád bych využil téhle příležitosti, a vyslal ještě jednu vlnu pozvánek. Kdo ví jak budou věci vypadat. Jedna věc je jistá - schválené shody zůstavají schválenýma shodama i skrz přesun na nové stránky.
Takže zřejmě schválené shody = dobrá věc :)

Pokud jste náhodou má shoda, moc rád vám pomůžu s lepším porozuměním genetické genealogii - nebo s lepším porozuměním vašim středoevropským, především českým předkům.
I když vás nic z toho nezajímů, moc pomůžete výzkumu našich společných kořenu, pokud odsouhlasíte mou nabídku ke sdílení. Umožní mi to lépe stanovit triangulační skupiny, kusy DNA mě a mých shod z konkrétního společného předka. Sdílení mi umožní vidět jen ten malý kousek DNA, který sdílíme a nenese žádné bezpečnostní riziko.

Také bych rád udělal novou verzi naší série o sdílení. Jak se situace změnila od ledna?

Tady je porovnání s posledním loňským blogem:
DNA shodyAnonymníOdsouhlasené% odsouh.
já (Kuba)952 (+6)214 (-25)381 (+21)40.02%
matka854 (+9)239 (-32)311 (+25)36.42%
otec918 (+2)196 (-33)391 (+30)42.59%
bab. z m. strany1122 (+19)293 (-9)516 (+21)45.99%
bab. z o. strany925 (+5)241 (-34)337 (+11)36.43%
děd. z m. strany957 (+14)229 (-28)357 (+23)37.30%
manželka898 (+8)224 (-50)304 (+29)33.85%

Zajímavé, že všechny ty změny jsou bez jediné pozvánky.

A přesto se nám daři u některých profilů překonat magickou 40% hranice! Paráda.
Přestože je poslední dobou na 23andMe slyšet dost negativních reakci (na facebooku, různých fórech), já můžu směle říct, že počet shoda roste na úplně všech profilech.
A zároveň klesá počet anonýmních shod, často téměř rychlostí světla - když z manželčiného seznamu shod jich ubylo celých 50.

Vychází mi jednoduché pozorováni. Dokud budete své shody pozývat ke sdílení, statistiky budou vypadat pěkně. Budete mít víc a víc bratranců a sestřenic ke zkoumání.

Jak jsou na tom neodsouhlasené pozvánky? Podívejme se:


Šest zabugovaných pozvánek. Snad zůstanou i po přechodu.
A víc než tři a půl tisíce neodsouhlasených shod. Včetně těch nejbližších. Moc doufám, že tahle vlna pozvánek dokáže některé z mých shod zastihnout. Dostat to dolů na 3000 by bylo úžasné ;)

Ja bych se na to nové 23andMe díval s pozitivními emocemi. Čekají nás nové skvělé nástroje. Stejně jako staronová schopnost pozvat ke sdílení anonymní shody.

A v neposlední řadě teď tvrdě (jak jen čas dovolí) makám na rodokmenu, takže napojovat shody bude zase jednodušší. Doufám :D

Sunday, January 1, 2017

Cíle na rok 2017

Nejpředněji: Vše nej v novém roce! 🎉🎉🎉 Ať je pro Vás velmi vydařený, se spoustou genealogických ůspěchů, mnoho nových DNA shod a hlavně jen a jen zdravé rodinné příslušníky.

Nový rok je vždy skvělá příležitost udělat si ve věcech pořádek a pustit se do toho s novou vervou.

Takže čeho bych rád dosáhnul? Některé cíle jsem již zmiňoval ve dvou posledních bilančních blozích. Zahrnuji je tedy do celkového seznamu, který seřadím podle důležitosti.

  1. Mít zdravého syna. Juchúúú! Nejde o čistě genealogicky ani čistě genetický cíl, ale péče o novorozeného syna bude určitě z toho nejzajímavějšího, co 2017 nabídne. Za daň padne nějaký ten volný čas - takže prosím omluvte případné delší odmlky. Rovněž bych rád touto formou obrovsky poděkoval své úžasné ženě. Díky lásko, miluju Tě 💖
  2. Zdokonalit rodokmen. Tomuto tématu a jeho podbodům jsem se věnovali v posledním loňském bilančním blogu.

    2.1. Identifikovat 40% mých vlastních předků do 10té generace včetně. To znamené identifikace 818ti předků (z celkových 2046ti). Dnes jich [pravděpodobně] znám 512. To tedy znamená identifikovat dalších 306 nových předků v roce 2017.

    2.2. Nalézt polovinu předků mého dědy z otcovy strany v 7mé generaci - tj. 64 mých prapraprapraprapra.
  3. Napsat sérii blogů v češtině pro začátečníky s genetickou genealogií.
  4. Najít alespoň jednoho z mých dvou nejbližších neznámých předků. Jeden pradědeček mé babičky z otcovy strany a jeden pradědeček dědy z otcovy strany jsou neznámí (babičky byly nemanželské). Atakovat jejich identitu pomocí DNA je od začátku jeden z hlavních plánů mé geneticko genealogické kariéry. Kdyby se podařilo alespoň jednoho najít, byl by to signifikantní výsledek.

    4.1. Tento cíl zahrnuje sběr maximálního možného počtu relevantních DNA vzorků na otcově straně rodiny.

    4.2. Pracovat na rekombinační mapě otcovských chromozomů a maximalizovat pokrytí předky.
  5. Otestovat naše děti. Se ženou jsme se shodli, že do toho půjdeme, za pár let to bude běžná součást poporodního vyšetření. Takže najít nejlepší možnost a uskutečnit ji bude jedna ze zajímavých částí 2017.
  6. Začít sloupek "Předek týdne" - kde podrobně bloguju o jednom ze svých zesnulých předků. Předpokládám, že jich za rok zvladnu jen pár, ale těším se na to.
  7. Pokračovat v práci s genetickýma shodama - kde součástí tohoto cíle jsou i detailnější plány z nedávného bilancování shod na 23andMe.
Určitě bych toho rád stihl víc, ale znáte to - kdo chce moc, nemá nic. Zůstanu tedy u 7. Budu se snažit každému z těchto cílo v tom novém roce věnovat, s prioritou shora dolů.

Stav rodokmenu na konci 2016

Ve svém vůbec prvním blogu jsem se moudře věnoval rodokmenům. Zcela neoddiskutovatelně se totiž jedná o nutnou podmínku práce každého "genetického genealoga" a je to pomůcka zdaleka nejdůležitější. Zdůrazňoval sem, že většina našich genetických shod budou naši "osmí bratranci/sestřenice", tedy potomci našich 7xpra dědečků/babiček. A proto potřebujeme kvalitní a hluboký strom.

Co jsem tedy dělal od prvního blogu v říjnu? Pravdou je, že jsem se spíš opět zabýval genetikou (e.g. série o shodách na 23andMe) a nepokročil tolik, kolik jsem doufal při psaní úvodního blogu.

Pojďme se na to podívat v tabulce:

gen#vztahshoda#předků v genmůj #idmbab#idmděd#idobab#idoděd#id
2děd1C444444
3pra2C888877
4prapra3C1616151614 (+3)14
53xpra4C32303032 (+1)22 (+4)26 (+1)
64xpra5C6459 (+3)49 (+1)38 (+4)2732 (+7)
75xpra6C128110 (+6)21 (+5)31 (+6)18 (+3)4 (+1)
86xpra7C256146 (+11)6 (+2)46 (+19)11 (+4)0
97xpra8C51274 (+15)4 (+3)43 (+15)10 (+4)0
108xpra9C102463 (+25)1 (+1)8 (+2)6 (+4)0

Alespoň nějaký pokrok naznačený čísly s plusy v závorkách jsem dokázal. 

Podívejme se nejprve na počet mých nalezenych předků v každé generaci do slabě fialového sloupce (můj #idd). Našim cílem je, aby tyto čísla byla stejná jako ta v tmavě fialovém sloupci (celkový počet předků v dané generaci). Až do sedmé generace se nám docela daří, ale pak čísla tragicky klesají. Je to hlavně způsobeno větší obtížností hledání předků před tolerančním patentem - tlustšími matrikami, neexistencí indexů, menším množstvím údajů v matrikách ale i větším množstvím předků celkově.
Jak už jsem říkali, naše shody budou nejčastěji s osmými brantranci (8C v modrém sloupci) a tam se nám podařilo identifikovat pohých 74 z 512 předků (ne nutně 512 různých osob, někteří naši předci jsou našimi vícenásobnými 7xpra). To jasně ukazuje jak obtížná a frustrujíci bude práce s našimi DNA shodami. Potřebuju na stromě proste ještě zamakat.

Doteď jsem zmiňoval výzkum předků pouze ze svého pohledu. Ve čtyřech bílích sloupčcích jsou pak údaje mých prarodičů (takže součet jejich 4 řádek koresponduje s mým, o dva řádky níže). Nejčastěji totiž pracuji se svými shodami z pohledu svých prarodičů (kde mám zmapovanou celou DNA). A zde je situace u 8mých bratranců naprosto tragická. Tady se prostě nedá očekávat, že budeme v hledání společných předků jakkoliv úspěšní.

Ač mě práce s DNA baví, je potřeba se zaměřit na rodokmen, práci s matrikami, a dalšími zdroji. A rozhodně se musím zaměřit na strom svého dědečka z otcovské strany (oděd v tabulce).

Pro 2017 bych si rád vytyčil dva cíle, co se mého rodokmenu a identifikace předků týče:
  1. Nalézt polovinu předků mého dědy z otcovy strany v 7mé generaci - tj. 64 mých prapraprapraprapra. Plán je to ambiciózní, neboť 64 v této generaci se neblížím ani u žádného z dalších prarodičů, ale je důležité, dávat si obtížné cíle. 
  2. Identifikovat 40% mých vlastních předků do 10té generace včetně. To znamené identifikace 818ti předků (z celkových 2046ti). Dnes jich [pravděpodobně] znám 512. To tedy znamená identifikovat dalších 306 nových předků v roce 2017.
Celkově bych se rád více věnoval rodokmenu, ale zůstal přitom aktivní i zde na blogu.

Thursday, December 29, 2016

Balancování - 2016 a shody na 23andMe

Tak nám končí další rok a ja bych ho rád shrnul i z hlediska (genetické) genealogie.
Jako prvním shrnu práci se shodama na 23andMe - jako pokračování našeho seriálu.

Co že to tedy znamená? 23andMe je americká společnost, která poskytuje jednotlivcům možnost nechat se geneticky otestovat. V roce 2014, kdy jsem začínal s výběrem to byla asi nejlepší volba. Proto tam mám stále hodně ze svých genetických dat.
U této společnosti musíme obdržet od každoho našeho DNA příbuzného (naší shody) souhlas. A ty nám otvírají možnost práce s daty.

Než začneme tak bych chtěl zmínit jeden výborný tip, který jsem dostal jako reakci na minulý blog.
Nesmíme zapomenout vysvětlit / zdůraznit, jak můžeme naší shodě pomoct my. Každý totiž přeci jen víc slyší na svůj vlastní prospěch, než na někoho jiného.

Jak si na tom tedy po měsíci stojíme se shodami a souhlasy na 23andMe?
Od listopadu se stala jedna velká změna. Konečně se mi povedlo s 23andMe vyřešit proces propojení výsledků mých rodičů s mým účtem. To velmi pomáhá při práci s daty. Pro jistotu připomenu, že už předtím jsem měl na účtu data 3 svých prarodičů. Ač by se tedy mohla zdát striktně lepší, opak je pravdou. Víc dat zde znamená více poznatků - více shod, více pozvánek na sdílení, více odhalených falešných (IBS) DNA segmentů, ...
Takže od teď budeme v našich přehledech uvádět i mé rodiče.

Zde je tedy stav z 28. prosince porovnávaný s 18. listopadem:

DNA shodyAnonymníOdsouhlasené% odsouhlas.
já (Kuba)946 (+20)239 (-20)360 (+30)38.05%
matka845 (+1)*271 (-16)*286 (+38)*33.85%
otec916 (+7)*229 (-13)*361 (+18)*39.41%
bab. z m. strany1103 (+26)302 (-21)495 (+21)44.88%
bab. z o. strany920 (+18)275 (-11)326 (+21)35.44%
děd z m. strany943 (+32)257 (-22)334 (+38)35.41%
žena890 (+8)274 (-21)275 (+16)30.90%
*rozdíly u rodičů jsou oproti 10. prosinci, pár dní po spojení účtů

Co to tu máme! Je zřejmé jak moc pomohlo přidání rodičů a pozvání jejich shod (bez jakéhokoliv průvodního dopisu, jen za použití 23andMe zpráv). Krásný pozitivní trend jako dělaný na ukončení 2016 statistik.

Nově jsem zařadil i statistiky o anonymních shodách, protože některé reakce na mé předchozí blogy (i jinde) predikovaly rostoucí trend anonymních shod, který já nikdy nepozoroval.
Naopak, je zřejmé, že i za měsíc je vidět značný pokles anonymních shod, dán jak tím, že někteří anonymové si zakládají veřejné profily, tak tím, že přecházejí na nové stranky 23andMe, kde můžou z funkcí na hledání přúbuzných zcela vypadnout a ze seznamu nám zmizet.
Rád bych ještě časem udělal blog věnující se speciálně anonymním shodám na 23andMe.

Nevýhodou dvou nových vzorků na našem účtu je nový nárůst počtu neodsouhlasených pozvánek:
Podaří se někdy tohle obří číslo (3500 pozvaných shod) značně snížit? Pravděpodobně ne :( Důležité však je, že i přesto, že toto číslo roste, se nám daří zvyšovat celkový počet známých shod, zvyšovat počet odsouhlasených shod, se kterými můžeme pracovat a snižovat počet anonymních shod.
23andMe má právě na svých stránkách chybu, neumožňující odsouhlasení těch 2 pozvánek, co vidíte na obrázku. O chybě nicméně vědí a pracují na jejím odstranění.

Rád bych napsal článek jaké mám cíle pro rok 2017, ale stojí za to zmínit něco i zde:
  1. Přesun na nové stránky TNE - nemůžů pro to sice nic udělat, ale pokud se to povede, tak se až zdvojnásobí celkový počet shod a budu schopen využívat Open Sharing - porovnání se shodami bez nutnosti odsouhlasení. To by oboje mělo velmi pomoct s dalším pokrytím genomu triangulačními skupinami.
  2. Dostat se u všech přes 40% odsouhlasených shod. A ideálně přes 50% u mně samotného.
To je prozatím vše - přeji jen to dobré v novém roce 2017!

Saturday, December 10, 2016

Práce s DNA shodama na 23andMe - pokračování

  Velké díky všem, kteří souhlasili se sdílením genetických dat. Nedá se říct, že by šlo jednoznačně o výhru, ale v kombinaci s vytvořením materiálu pro blog, lze pokus považovat za úspěch. Navíc určitě budou další hody přibývat v příštích dnech a týdnech.

  Takže 12. listopadu jsme začínali s 2793 neschválenými pozvánkami. Tohle číslo se nám do 19.11. podařilo snížit na:
2718. To není špatné. Bral bych samozřejmě radši 1900, 900 nebo úplně nejlépe 0, ale buďme realisté :D S tím, že na 23andMe nedokážeme využít celou databázi shod se prostě musí člověk smířit.

Tak jak se nám první týden dařilo na jednotlivých účtech? Podívejme se na to:
DNA shodyOdsouhlasenoOdsouhlaseno%
926 (+8)330 (+22)35.63714903
1077 (+1)474 (+13)44.01114206
902 (+4)305 (+14)33.81374723
914 (+3)296 (+17)32.38512035
886 (+4)259 (+31)29.23250564

Nepodařilo se nám úplně dosáhnout cíle 20/20/20/20/40, ale byli jsme docela blízko.

Stejně jako posledně jsou dobrá čísla u mého vlastního kitu výsledkem dvojitého pozývaní. Mé shody pozývam jak na mém vlastním tak na účtu prarodičů a rozdíl je znát (2 maily znamenají častější odpověď než jeden).

Jedna velmi důležitá věc, pro ty kteří to nevědí - když budou vaše shody souhlasit se sdílením genetických informací, budou se vám oběvovat nové shody - a to i takové, které jsou na platformě již dlouho dobu. Za poslední týden sem dostal mezi 0 a 2 zcela novými shodami na každém účtu, ale většině účtů přibylo nových shod víc. Práce se shodami a sdílení genetických informací pomůže zvýšit celkový počet shod v systému..

Nejde jen o to, kolik nových shod jsme získali. Podařilo se mi rovněž získat odsouhlasení vůbec nejbližší shody ze strany mého dědečka z otcovy strany. Pravděpodobně se jedná o "third cousin once removed" - "třetí sestřenici posunutou o generaci". Bohužel se mi nepodařilo s ní navázat kontakt. Zdá se, že shoda je na straně její maminky. Jedná se o krásnou shodu na 5 segmentech, která bude určitě v našem bádaní dlouhodobě užitečná.
Mám rovněž velkou hromadnu nezodpovězených zpráv, které můžou znamenat další odsouhlasené shody, potom co na včechny odepíšu.


Závěrem tedy je, že i pro "Východního" Evropana se dá soustavnou prací přiblížit využití 50% databáze společnosti 23andMe. I přesto, že našincům je zatím uzavřena možnost "Volného sdílení" - "Open Sharing", které umožňuje vidět genetickou shodu i bez sdílení. Při zběžné práci se shodami je normalní využití asi jedné třetiny databáze.
V budoucnu se ke shodám na 23andMe ještě určitě vrátíme.

Saturday, November 19, 2016

Jak přemluvit shody na 23andMe ke sdílení?

  Pod vlivem svého prvního blogu jsem teď trochu polevil v genetické genealogii a trochu víc (když čas dovolí) se věnuju rodokmenům.
  Za účelem tohoto blogu bych se rád vrátil na svou "domovskou" stránku - 23andMe, kde jsem otestoval nejvíc lidí a zpracoval nejvíc dat.

Mám tam téměř 2800 neodsouhlasených žádostí o sdílení DNA. Ano, DVA TISÍCE, teda spíš tři. Pěkná pruda... Jak pak má člověk dělat nějaké objevy?!

Co chci udělat - obeslat všechny shody, které mohu, žádostí o sdílení. A nakonec chci změřit úspěšnost tohoto pokusu.

Tak jak si na tom se shodama stojí mých 5 nejzajímavějších profilů?
DNA shodySdílející shody% sdíleno
já (Kuba)91830833.55119826
babička z máminy strany107646142.84386617
babička z tátovy strany89829132.40534521
děda z máminy strany91127930.62568606
manželka88222825.85034014

Jak vidíte, nejvíc jsem se věnoval shodám me babičky z mamčiny strany. Na shodách mé ženy jsem nepracoval o nic méně intenzivně, ale sebe a mou ženu jsem testoval až více než rok po prarodičích (a má vlastní čísla jsou důsledkem práce na prarodičích).

Co tak můžeme čekat? Budu rád, pokud se nám podaří získat 20 nových sdílení pro každého prarodiče (a s trochou štěstí 20 pro můj vlastní profil) and snad i 40 pro mou ženu.

Co uděláme? Napíšeme všem jednotný email. Napsat každému zvlášť by bylo skvělé, a zvýšilo naše šance, ale je možné to dělat opravdu jen s nejbližšími shodami. Psát osobní zprávu dvěma tisícum shod by bylo na rok.

Takže co hlavního budeme psát?

1. Kdo jsme - spousta Američanů má obavy, že se je někdo snaží podvést. Ustanovit přátelskou, rodinnou, důvěrnou atmosférou je základ.

2. O co nám jde (proto taky píšu tenhle blog, aby to bylo jasné).

3. Něco o naší rodině - veřejný odkaz na rodokmen, naše genetická data na gedmatch.com, ap.


Hello, 

my name is is Kuba Krchak and I am living in the Czech republic. I work as a computer scientist, with huge interest in genealogy, genetics, population genetics, next generation sequencing et.al. 

I maintain a blog bgengen.blogspot.com, where I just wrote about the struggle with matches on 23andMe. Please, check it out if you have a little bit of time. http://bgengen.blogspot.cz/2016/11/can-i-get-any-more-people-on-23andme-to.html

I am trying to work on the project of creating a recombination map for me and my family and eventually mapping the DNA to ancestors. 
You are one of my unshared matches and you accepting my sharing request would tremendously help me in my efforts.
I am eager to talk to you about your ancestry, but that is optional. Just accepting my sharing request is very valuable to me. 

Here is my basic public tree: www.wikitree.com/treewidget/Krchak-1/5 
My most up-to-date tree is http://krchak.myheritage.com
I also do have an ancestry tree: http://trees.ancestry.com/tree/82403601/family
My gedmatch ID is M240291. 

Best regards, 
Kuba 

Podle toho, o koho půjde jen pozměníme odkazy na strom a gedmatch. Aby lidé nemuseli sami hledat babičku ve stromě. Čím víc to můžeme ulehčit, tím lépe.

Tak pojďme do toho. Ozvu se asi za týden se shrnutím, jak se nám tahle kampaň povedla. Je nutné mít na paměti, že už jsme 30-40% shod měli. Pokud bychom začínali, tak je úspěšnost samozřejmě lepší.

Monday, October 10, 2016

Začínáme

  Často jsem přemýšlel o tom, že si založím blog. Hlavně bych chtěl více vzdělat českou genealogickou komunitu v otázce genetické genealogie ale rád se budu také účastnit aktuálního anglického geneticko genealogického dění. Stává se mi, že mám myšlenku, kterou bych rád ke zrovna probíhající debatě prospěl, a blog je asi nejrozumější kanál.

  Jako své první téma jsem si vybral to, na čem by měla stát práce každého genetického genealoga. A to jeho rodokmen.

  Společnosti, u kterých si můžeme nechat otestovat svou DNA často zkreslují situaci - neustále mluví o 3rd cousins a 4th cousins - tj. o příbuzných, se kterými máme společného prapraděčka a praprababičku, respektive praprapradědečka a prapraprababičku. Protože mi české názvosloví přijde nedostatečné, bude tady na blogu používat 3tí bratranec / 4tý bratranec (ve smyslu obou pohlaví). Pokud se ovšem problematikou zabýváme hlouběji - navštivme například stránky Mezinárodní společnosti genetických genealogů: http://isogg.org/wiki/Cousin_statistics - zjistíme, že i s konzervativním odhadem počtu bratranců máme pravděpodobně více 8mých genetických bratranců než 7mých genetických bratranců než 6tých genetických bratranců, atd.


Co to znamená pro nás, genetické genealogy? Pokud chceme najít společné předky s našimi genetickými shodami, musíme seriózně zamakat na našich stromech! 8mí bratranci jsou na úrovni 7xpra, což znamená, že máme v této generaci 512 předků - a to dělá dokonce 1022 předků počítaje všechny generace od rodičů nahoru.

Vezměme si dva genetické genealogy, kteří spolu mají malou genetickou shodu. Pro rozumně spolehlivé nalezení společného předka musí mít oba ve svém stromě správně 1022 předků a porovnat je.
Takový cíl není v českých luzích a hajích nic jednoduchého. S tím jak vstupujeme do 17tého století u se u nás typicky záznamy začínají ztenčovat. I přesto bych se rád tomuhle cíli co nejvíce přiblížil a na tomhle blogu (mimo jiné) sledoval svůj postup.

Podívejme se na to první z perspektivy mých prarodičů. Nakonci to pak shrneme pro mě. Napsal jsem skript (malý počítačový prográmek), který zanalyzuje GEDCOM (počítačový způsob uložení rodokmenu) a vrátí požadované statistiky. Možná se v něm ještě nějaká muška najde, ale to že tu a tam nám eventuelně jeden člověk bude chybět, nebo přebývat nám zas tolik nevadí, pracujeme s většími čísly.

Má babička z maminčiny strany Anežka Kočíbová, *1935, gedmatch.com ID# M789839
gen#rel~DoBmatch#anc/gen#idd/gen%idd/gen#anc#idd%idd
1p190722100.00%22100.00%
2gp18731C44100.00%66100.00%
3Ggp18382C88100.00%1414100.00%
4GGgp18063C161593.75%302996.67%
53Ggp17784C323093.75%625995.16%
64Ggp05C644875.00%12610784.92%
75Ggp6C1281612.50%25412348.43%
86Ggp7C25641.56%51012724.90%
97Ggp8C51210.20%102212812.52%

Dědeček z maminčiny strany Jan Musil, *1927, gedmatch.com ID# M396921
gen#rel~DoBmatch#anc/gen#idd/gen%idd/gen#anc#idd%idd
1p189922100.00%22100.00%
2gp18601C44100.00%66100.00%
3Ggp18292C88100.00%1414100.00%
4GGgp17993C1616100.00%3030100.00%
53Ggp17674C3232100.00%6262100.00%
64Ggp5C643453.13%1269676.19%
75Ggp6C1283527.34%25413151.57%
86Ggp7C256238.98%51015430.20%
97Ggp8C512254.88%102217917.51%

Babička z tátovy strany Irena Moravcová, *1932, gedmatch.com ID# M425590
gen#rel~DoBmatch#anc/gen#idd/gen%idd/gen#anc#idd%idd
1p22100.00%22100.00%
2gp1C44100.00%66100.00%
3Ggp2C88100.00%1414100.00%
4GGgp3C161168.75%302583.33%
53Ggp4C321856.25%624369.35%
64Ggp5C642742.19%1267055.56%
75Ggp6C1281511.72%2548533.46%
86Ggp7C25672.73%5109218.04%
97Ggp8C51261.17%1022989.59%

Děda z tátovy strany Emil Krchák, *1930, žádná autozomální data
gen#rel~DoBmatch#anc/gen#idd/gen%idd/gen#anc#idd%idd
1p22100.00%22100.00%
2gp1C44100.00%66100.00%
3Ggp2C88100.00%1414100.00%
4GGgp3C161487.50%302893.33%
53Ggp4C322578.13%625385.48%
64Ggp5C642539.06%1267861.90%
75Ggp6C12832.34%2548131.89%
86Ggp7C25600.00%5108115.88%
97Ggp8C51200.00%1022817.93%

Je zřejmé, že mám před sebou ještě spoustu práce a jde i pěkně vidět, kam bych se měl zaměřit jako první - na rodinu svého dědy Krcháka.


Celkově mí vlastní předci, gedmatch.com ID# M240291 (PM240291M1, PM240291P1)
gen#rel~DoBmatch#anc/gen#idd/gen%idd/gen#anc#idd%idd
1p196022100.00%22100.00%
2gp19311C44100.00%66100.00%
3Ggp2C88100.00%1414100.00%
4GGgp3C1616100.00%3030100.00%
53Ggp4C3232100.00%6262100.00%
64Ggp5C645687.50%12611893.65%
75Ggp6C12810481.25%25422287.40%
86Ggp7C25613552.73%51035770.00%
97Ggp8C5125911.52%102241640.70%
Myslím si, že mít přes 50% známých 6xpra dědečků a prababiček je docela dobrý stav, ale určitě se dá pořádně vylepšit.


Budu se snažit publikovat mou cestu za pokrytím všech 7xpra nějakým smysluplným tempem - nejspíš parkrát za rok. Uvidíme jak mi to půjde a jak to pomůže s genetickou genealogií.

Těší mě, že jste dočetli až sem,
Kuba


P.S. Popsaná snaha, zmíněný skript pro práci s GEDCOM formátem a tenhle blog se inspirovaly tímto tématem řešeným na internetu v roce 2015. Rád bych z té doby zmíňil alespoň tento blog: http://thegeneticgenealogist.com/2015/08/11/how-much-of-your-family-tree-do-you-know-and-why-does-that-matter.